祇園神社は、愛知川にかかる橋の守護神として、現在も国道8号の御幸橋、近江鉄道の愛知川鉄橋、東海道新幹線の愛知川橋梁を見守っています。

愛知川に架かる橋といえば、歌川広重の浮世絵（木曽海道六十九次之内「恵智川」）に描かれた無賃橋が有名です。
この橋は、天保2年(1831)に完成しています。
その後、天保9年(1838)になって、祇園神社は無賃橋の守護神として勧請されました。
それ以前は、愛知川村にかつてあったという真言宗興福寺の寺内にあったと伝えられており、それが中山道愛知川宿の氏神である八幡神社の南側に牛頭天王社（ごずてんのうしゃ）として祭られていました。
天保8年(1837)になって、村役人らが相談し、無賃橋の守護として愛知川の川べりに遷座したいと彦根藩へ申請し、翌年許可がおりました。
その詳細は滋賀大学経済学部附属史料館保管の「牛頭天王萬歳録」（愛知川共有文書/公方座文書）に記されています。

なお、祇園神社には現在も「橋神」と鋳込まれた湯釜があり、7月の祇園神社祭礼にはその湯釜を使って湯立神楽が奉納されます。
また、祇園神社祭礼の余興として始められた祇園納涼祭花火大会は平成19年（2007）には126回を数え、滋賀県最古の伝統を持つ花火大会として知られています。