第十代崇神天皇６８年（紀元前30年）石部山に御神降があり、
垂仁天皇２年（紀元前28年）宇加之彦の子、吉比古、吉比女の神を黒の御前に
神籠（ひもろぎ）を建てて祀り、谷黒乃御前大明神と称していました。

嵯峨天皇弘仁３年（812年）山崩れにより現鎮座地に移し
承平５年（935年）吉比古、吉比女神を、末社より本社に遷座し
社号を吉御子神社と称するようになりました。

本殿は元治元年（1864年）に大破しましたが
京都上賀茂神社から旧社殿が移築され
翌慶応元年（1865年）遷座祭を執行したのが現在の本殿になり
国の重要文化財に指定されています。

【御祭神】
吉彦命　鹿葦津姫命　吉姫命

【御神徳】
厄除け　安産　交通安全

【例大祭（5月1日）】
祭典が本殿で行われ、神輿が吉御子神社・吉姫神社から同時に出発し
それぞれの御旅所に向かいます。