「湖と人間」をテーマに、琵琶湖の生い立ち・人と生き物との関わりについて家族で楽しみながら学べる「体験型」博物館です。
淡水の生き物の展示としては日本最大級の水族展示は、2016年夏にリニューアルしてパワーアップ。西日本ではここでしか見られない大人気のバイカルアザラシは必見です。
2018年にリニューアルしたディスカバリールーム、おとなのディスカバリーでは子供から大人まで五感を使って琵琶湖や生き物を楽しめる仕掛けがたくさん。さらに、博物館から琵琶湖へ向かう空中遊歩道「樹冠トレイル」もオープンし、より琵琶湖も近くなりました。
2020年10月、約6年の歳月をかけて行ってきたリニューアルが完成しグランドオープンを迎えました。今回リニューアルしたＡ展示室では世界でも珍しい「半身半骨」のツダンスキーゾウ標本や、Ｂ展示室では、AR(拡張現実)技術によりタブレット上で琵琶湖に浮かぶ丸子船の映像を体験できるコーナーなど見どころが満載です。
このほかブラックバス料理が味わえるレストラン、オリジナルグッズを数多く揃えたミュージアムショップもあります。